Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
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