Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMCH1Q9UPQ0 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms