RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000253754.7

PDLIM4-201, Transcript of PDZ and LIM domain 4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PDLIM4, Length 2,282 nt, Biotype protein coding.

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM4-201ENST00000253754 NISCHQ9Y2I1 1504 aa40.81■■■■■ 4.12
PDLIM4-201ENST00000253754 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa35.48■■■■□ 3.27
PDLIM4-201ENST00000253754 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP34.26■■■■□ 3.08
PDLIM4-201ENST00000253754 ABCC9O60706 1549 aa33.98■■■■□ 3.03
PDLIM4-201ENST00000253754 DCAF8L2P0C7V8 631 aa33.95■■■■□ 3.03
PDLIM4-201ENST00000253754 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa33.79■■■■□ 3
PDLIM4-201ENST00000253754 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa33.64■■■□□ 2.98
PDLIM4-201ENST00000253754 MYO15BQ96JP2 1530 aa33.21■■■□□ 2.91
PDLIM4-201ENST00000253754 NACADO15069 1562 aa33.07■■■□□ 2.88
PDLIM4-201ENST00000253754 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP32.89■■■□□ 2.86
PDLIM4-201ENST00000253754 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa32.81■■■□□ 2.84
PDLIM4-201ENST00000253754 SCRIBQ14160 1630 aa32.78■■■□□ 2.84
PDLIM4-201ENST00000253754 UNC13AQ9UPW8 1703 aa32.2■■■□□ 2.75
PDLIM4-201ENST00000253754 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP32.08■■■□□ 2.73
PDLIM4-201ENST00000253754 BICRAQ9NZM4 1560 aa31.84■■■□□ 2.69
PDLIM4-201ENST00000253754 CECR2Q9BXF3 1484 aa31.79■■■□□ 2.68
PDLIM4-201ENST00000253754 CHIC1Q5VXU3 224 aa31.78■■■□□ 2.68
PDLIM4-201ENST00000253754 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP31.71■■■□□ 2.67
PDLIM4-201ENST00000253754 MROH2BQ7Z745 1585 aa31.58■■■□□ 2.65
PDLIM4-201ENST00000253754 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP31.49■■■□□ 2.63
PDLIM4-201ENST00000253754 SMARCA4P51532 1647 aa31.36■■■□□ 2.61
PDLIM4-201ENST00000253754 WIZO95785 1651 aa31.34■■■□□ 2.61
PDLIM4-201ENST00000253754 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP30.93■■■□□ 2.54
PDLIM4-201ENST00000253754 PEG3Q9GZU2 1588 aa30.91■■■□□ 2.54
PDLIM4-201ENST00000253754 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP30.89■■■□□ 2.54
PDLIM4-201ENST00000253754 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa30.85■■■□□ 2.53
PDLIM4-201ENST00000253754 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa30.82■■■□□ 2.52
PDLIM4-201ENST00000253754 SMARCA2P51531 1590 aa30.8■■■□□ 2.52
PDLIM4-201ENST00000253754 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP30.7■■■□□ 2.51
PDLIM4-201ENST00000253754 CCDC88BA6NC98 1476 aa30.68■■■□□ 2.5
PDLIM4-201ENST00000253754 TRIM41Q8WV44 630 aa30.67■■■□□ 2.5
PDLIM4-201ENST00000253754 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa30.6■■■□□ 2.49
PDLIM4-201ENST00000253754 NCAPD3P42695 1498 aa30.55■■■□□ 2.48
PDLIM4-201ENST00000253754 DNAJC5BQ9UF47 199 aa30.52■■■□□ 2.48
PDLIM4-201ENST00000253754 HMGXB3Q12766 1538 aa30.48■■■□□ 2.47
PDLIM4-201ENST00000253754 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP30.41■■■□□ 2.46
PDLIM4-201ENST00000253754 PCGF6Q9BYE7 350 aa30.33■■■□□ 2.45
PDLIM4-201ENST00000253754 EHMT2Q96KQ7 1210 aa30.17■■■□□ 2.42
PDLIM4-201ENST00000253754 ABCC8Q09428 1581 aa30.1■■■□□ 2.41
PDLIM4-201ENST00000253754 HRCP23327 699 aa30.02■■■□□ 2.4
PDLIM4-201ENST00000253754 CFTRP13569 1480 aa29.9■■■□□ 2.38
PDLIM4-201ENST00000253754 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP29.85■■■□□ 2.37
PDLIM4-201ENST00000253754 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP29.84■■■□□ 2.37
PDLIM4-201ENST00000253754 CADPSQ9ULU8 1353 aa29.82■■■□□ 2.36
PDLIM4-201ENST00000253754 SYNJ1O43426 1573 aa29.72■■■□□ 2.35
PDLIM4-201ENST00000253754 NESP48681 1621 aa29.7■■■□□ 2.34
PDLIM4-201ENST00000253754 PRDM2Q13029 1718 aa29.7■■■□□ 2.34
PDLIM4-201ENST00000253754 SOGA1O94964 1423 aa29.7■■■□□ 2.34
PDLIM4-201ENST00000253754 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa29.57■■■□□ 2.32
PDLIM4-201ENST00000253754 TOP2BQ02880 1626 aa29.56■■■□□ 2.32
PDLIM4-201ENST00000253754 CUX1P39880 1505 aa29.51■■■□□ 2.31
PDLIM4-201ENST00000253754 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP29.51■■■□□ 2.31
PDLIM4-201ENST00000253754 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa29.5■■■□□ 2.31
PDLIM4-201ENST00000253754 FANCD2Q9BXW9 1451 aa29.5■■■□□ 2.31
PDLIM4-201ENST00000253754 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa29.5■■■□□ 2.31
PDLIM4-201ENST00000253754 CSRNP3Q8WYN3 585 aa29.44■■■□□ 2.3
PDLIM4-201ENST00000253754 EEA1Q15075 1411 aa29.42■■■□□ 2.3
PDLIM4-201ENST00000253754 CEP162Q5TB80 1403 aa29.33■■■□□ 2.29
PDLIM4-201ENST00000253754 PDS5BQ9NTI5 1447 aa29.31■■■□□ 2.28
PDLIM4-201ENST00000253754 TNIKQ9UKE5 1360 aa29.3■■■□□ 2.28
PDLIM4-201ENST00000253754 CEP164Q9UPV0 1460 aa29.29■■■□□ 2.28
PDLIM4-201ENST00000253754 UBTFP17480 764 aaKnown RBP29.27■■■□□ 2.28
PDLIM4-201ENST00000253754 GOLGA3Q08378 1498 aa29.23■■■□□ 2.27
PDLIM4-201ENST00000253754 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa29.2■■■□□ 2.27
PDLIM4-201ENST00000253754 FGD5Q6ZNL6 1462 aa29.19■■■□□ 2.26
PDLIM4-201ENST00000253754 DNMBPQ6XZF7 1577 aa29.19■■■□□ 2.26
PDLIM4-201ENST00000253754 TOPBP1Q92547 1522 aa29.17■■■□□ 2.26
PDLIM4-201ENST00000253754 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP29.13■■■□□ 2.25
PDLIM4-201ENST00000253754 ERCC6Q03468 1493 aa29.12■■■□□ 2.25
PDLIM4-201ENST00000253754 KIF27Q86VH2 1401 aa29.08■■■□□ 2.25
PDLIM4-201ENST00000253754 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP29.08■■■□□ 2.25
PDLIM4-201ENST00000253754 KIF21BO75037 1637 aa29.07■■■□□ 2.24
PDLIM4-201ENST00000253754 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP29.04■■■□□ 2.24
PDLIM4-201ENST00000253754 CUX2O14529 1486 aa29.03■■■□□ 2.24
PDLIM4-201ENST00000253754 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa29■■■□□ 2.23
PDLIM4-201ENST00000253754 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa28.99■■■□□ 2.23
PDLIM4-201ENST00000253754 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP28.94■■■□□ 2.22
PDLIM4-201ENST00000253754 MRC2Q9UBG0 1479 aa28.91■■■□□ 2.22
PDLIM4-201ENST00000253754 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa28.89■■■□□ 2.21
PDLIM4-201ENST00000253754 CLIP1P30622 1438 aa28.88■■■□□ 2.21
PDLIM4-201ENST00000253754 PRXQ9BXM0 1461 aa28.87■■■□□ 2.21
PDLIM4-201ENST00000253754 IGF1RP08069 1367 aa28.85■■■□□ 2.21
PDLIM4-201ENST00000253754 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP28.83■■■□□ 2.21
PDLIM4-201ENST00000253754 ERICH3Q5RHP9 1530 aa28.78■■■□□ 2.2
PDLIM4-201ENST00000253754 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP28.78■■■□□ 2.2
PDLIM4-201ENST00000253754 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP28.76■■■□□ 2.19
PDLIM4-201ENST00000253754 WDR97A6NE52 1622 aa28.76■■■□□ 2.19
PDLIM4-201ENST00000253754 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP28.74■■■□□ 2.19
PDLIM4-201ENST00000253754 WDR62O43379 1518 aa28.74■■■□□ 2.19
PDLIM4-201ENST00000253754 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP28.71■■■□□ 2.19
PDLIM4-201ENST00000253754 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa28.71■■■□□ 2.19
PDLIM4-201ENST00000253754 VPS8Q8N3P4 1428 aa28.7■■■□□ 2.18
PDLIM4-201ENST00000253754 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa28.64■■■□□ 2.18
PDLIM4-201ENST00000253754 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP28.64■■■□□ 2.18
PDLIM4-201ENST00000253754 GAPVD1Q14C86 1478 aa28.64■■■□□ 2.17
PDLIM4-201ENST00000253754 IFT140Q96RY7 1462 aa28.56■■■□□ 2.16
PDLIM4-201ENST00000253754 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP28.54■■■□□ 2.164e-6■■■■■ 31
PDLIM4-201ENST00000253754 CUL7Q14999 1698 aa28.54■■■□□ 2.16
PDLIM4-201ENST00000253754 ARAP1Q96P48 1450 aa28.5■■■□□ 2.15
PDLIM4-201ENST00000253754 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP28.49■■■□□ 2.15
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