Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS4AQ9UN37 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS4AQ9UN37 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms