Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS53Q5VIR6 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms