Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLIP3Q96DZ5 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CLIP3Q96DZ5 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CLIP3Q96DZ5 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms