Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL4

USP43, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 43, humanhuman

Predictions only

Length 1,123 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP43Q70EL4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
USP43Q70EL4 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP43Q70EL4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP43Q70EL4 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP43Q70EL4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 105.7 ms