Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.077e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 GADD45B-206ENST00000592937 2007 ntTSL 221.58■■□□□ 1.057e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.967e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 GADD45B-202ENST00000585359 750 ntTSL 319.65■□□□□ 0.747e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 C1orf174-202ENST00000474140 3499 ntTSL 518.8■□□□□ 0.67e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 C1orf174-203ENST00000486765 2517 ntTSL 518.68■□□□□ 0.587e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 SLC19A2-201ENST00000236137 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.587e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 RAP2B-201ENST00000323534 8351 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.217e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 SYDE2-201ENST00000234668 3000 ntTSL 1 (best)11.89□□□□□ -0.517e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 NCOA3-202ENST00000371998 4668 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC8.35□□□□□ -1.077e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 NCOA3-203ENST00000372004 7939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.88□□□□□ -1.317e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 NCOA3-201ENST00000371997 6750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.81□□□□□ -1.327e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 CENPE-204ENST00000509120 792 ntTSL 36.07□□□□□ -1.447e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 EIF4G2-230ENST00000534470 520 ntTSL 24.11□□□□□ -1.758e-15■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 CD46-213ENST00000471987 572 ntTSL 35.74□□□□□ -1.491e-20■■■■■ 29.3
U2AF1Q01081 CD46-216ENST00000490278 747 ntTSL 25.15□□□□□ -1.591e-20■■■■■ 29.3
U2AF1Q01081 SDR39U1-214ENST00000555778 608 ntTSL 218.44■□□□□ 0.547e-10■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.732e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 RIPOR3-206ENST00000488529 953 ntTSL 522.46■■□□□ 1.192e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 EXOC3-202ENST00000503889 5365 ntTSL 521.7■■□□□ 1.062e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 RIPOR3-205ENST00000482129 811 ntTSL 321.1■□□□□ 0.972e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 EXOC3-210ENST00000515601 5748 ntTSL 520.49■□□□□ 0.872e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 RIPOR3-202ENST00000327979 4377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.372e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 EXOC3-201ENST00000315013 2682 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.352e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 RIPOR3-201ENST00000045083 4279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.012e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 HOXB7-203ENST00000567101 528 ntTSL 213.41□□□□□ -0.262e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 ATF6-201ENST00000367942 7496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.46□□□□□ -0.892e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 SLC30A7-203ENST00000370112 7898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.77□□□□□ -1.172e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 SLC30A7-201ENST00000357650 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.472e-8■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 AC078993.1-203ENST00000435789 1037 ntTSL 5 BASIC4.96□□□□□ -1.623e-16■■■■■ 29.2
U2AF1Q01081 AL034397.3-202ENST00000621933 1815 ntTSL 1 (best) BASIC10.31□□□□□ -0.766e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 AL034397.3-201ENST00000618234 1690 ntTSL 1 (best)9.51□□□□□ -0.896e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 ELP2-215ENST00000540799 381 ntTSL 313.8□□□□□ -0.24e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-217ENST00000489072 1014 ntTSL 333.48■■■□□ 2.954e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-207ENST00000436324 1045 ntTSL 224.53■■□□□ 1.524e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-206ENST00000431390 1552 ntTSL 324.19■■□□□ 1.464e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.294e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-210ENST00000464078 508 ntTSL 523.08■■□□□ 1.294e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.284e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-208ENST00000443046 823 ntTSL 319.21■□□□□ 0.674e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-216ENST00000486741 4299 ntTSL 217.27■□□□□ 0.354e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-220ENST00000492280 2707 ntTSL 516.25■□□□□ 0.194e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-202ENST00000380747 709 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.434e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-201ENST00000288344 1303 ntTSL 212.27□□□□□ -0.454e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 HMGN1-205ENST00000419378 850 ntTSL 29.22□□□□□ -0.934e-7■■■■■ 29.1
U2AF1Q01081 AK3-204ENST00000611749 4029 ntTSL 4 BASIC12.95□□□□□ -0.342e-9■■■■■ 29
U2AF1Q01081 STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB-203ENST00000470714 868 ntTSL 322.49■■□□□ 1.198e-7■■■■■ 28.9
U2AF1Q01081 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.828e-7■■■■■ 28.9
U2AF1Q01081 STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB-202ENST00000444874 2661 ntTSL 218.46■□□□□ 0.558e-7■■■■■ 28.9
U2AF1Q01081 STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB-205ENST00000483329 819 ntTSL 516.33■□□□□ 0.28e-7■■■■■ 28.9
U2AF1Q01081 STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB-201ENST00000310771 3634 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.258e-7■■■■■ 28.9
U2AF1Q01081 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.59■■□□□ 1.853e-7■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.423e-7■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 C11orf98-203ENST00000532786 774 ntTSL 221.79■■□□□ 1.083e-7■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.953e-7■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.773e-7■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.763e-7■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 LBHD1-204ENST00000431002 2915 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.123e-7■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.986e-9■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.676e-9■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.596e-9■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.196e-9■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.956e-9■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.956e-9■■■■■ 28.8
U2AF1Q01081 DDX46-212ENST00000628477 1584 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.536e-7■■■■■ 28.7
U2AF1Q01081 CCDC18-AS1-222ENST00000457025 413 ntTSL 513.38□□□□□ -0.278e-8■■■■■ 28.7
U2AF1Q01081 CCDC18-AS1-212ENST00000440778 596 ntTSL 58.27□□□□□ -1.098e-8■■■■■ 28.7
U2AF1Q01081 EPS15-203ENST00000371733 5225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC8.6□□□□□ -1.032e-6■■■■■ 28.7
U2AF1Q01081 EPS15-202ENST00000371730 4736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.94□□□□□ -1.782e-6■■■■■ 28.7
U2AF1Q01081 DDX46-211ENST00000513987 543 ntTSL 39.26□□□□□ -0.934e-10■■■■■ 28.7
U2AF1Q01081 DDX46-204ENST00000505592 555 ntTSL 25.62□□□□□ -1.514e-10■■■■■ 28.7
U2AF1Q01081 EIF5-211ENST00000559532 678 ntTSL 433.04■■■□□ 2.885e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 EIF5-209ENST00000559130 583 ntTSL 328.58■■■□□ 2.175e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.255e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 EIF5-214ENST00000560338 580 ntTSL 322.65■■□□□ 1.225e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 EIF5-203ENST00000558265 872 ntTSL 518.48■□□□□ 0.555e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 EIF5-202ENST00000392715 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.465e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 EIF5-204ENST00000558316 719 ntTSL 317.37■□□□□ 0.375e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 EIF5-205ENST00000558506 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.245e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 EIF5-206ENST00000558551 744 ntTSL 27.35□□□□□ -1.235e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 EIF5-213ENST00000560200 776 ntTSL 57□□□□□ -1.295e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 EIF5-218ENST00000561325 569 ntTSL 44.13□□□□□ -1.755e-7■■■■■ 28.5
U2AF1Q01081 FCHO2-202ENST00000430046 4981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.281e-7■■■■■ 28.4
U2AF1Q01081 FCHO2-203ENST00000503302 832 ntTSL 37.67□□□□□ -1.181e-7■■■■■ 28.4
U2AF1Q01081 FCHO2-207ENST00000512348 2700 ntTSL 2 BASIC6.8□□□□□ -1.321e-7■■■■■ 28.4
U2AF1Q01081 METTL22-213ENST00000564624 260 ntTSL 1 (best)21.76■■□□□ 1.076e-8■■■■■ 28.4
U2AF1Q01081 RNF19A-211ENST00000523167 792 ntTSL 433.53■■■□□ 2.963e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC32.62■■■□□ 2.813e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.293e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.243e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 SEPT6-206ENST00000460411 1393 ntTSL 229■■■□□ 2.233e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 INTS11-220ENST00000493534 896 ntTSL 326.09■■□□□ 1.773e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 INTS11-239ENST00000531019 549 ntTSL 425.23■■□□□ 1.633e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 INTS11-224ENST00000498476 554 ntTSL 425.23■■□□□ 1.633e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 INTS11-219ENST00000490853 704 ntTSL 325.2■■□□□ 1.623e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.583e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 C21orf2-204ENST00000462742 4532 ntTSL 224.74■■□□□ 1.553e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 INTS11-215ENST00000470679 584 ntTSL 524.52■■□□□ 1.523e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 C21orf2-207ENST00000496321 1191 ntTSL 1 (best)24.04■■□□□ 1.443e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.443e-8■■■■■ 28.3
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 344.2 ms