Protein–RNA interactions for Protein: P09429

HMGB1, High mobility group protein B1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB1P09429 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HMGB1P09429 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms