Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS54Q9P1Q0 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms