Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP53Q70EK8 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP53Q70EK8 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms