Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIMD1Q9UGP4 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIMD1Q9UGP4 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIMD1Q9UGP4 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIMD1Q9UGP4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms