Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.79
SYNE4Q8N205 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.79
SYNE4Q8N205 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC32.45■■■□□ 2.79
SYNE4Q8N205 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.42■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC32.39■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
SYNE4Q8N205 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC32.37■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC32.36■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC32.34■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC32.33■■■□□ 2.77
SYNE4Q8N205 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.31■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC32.31■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC32.31■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC32.3■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.28■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC32.28■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.28■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC32.26■■■□□ 2.76
SYNE4Q8N205 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC32.23■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC32.23■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.21■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC32.2■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC32.2■■■□□ 2.75
SYNE4Q8N205 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC32.19■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC32.19■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC32.18■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC32.18■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.15■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC32.14■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SYNE4Q8N205 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC32.14■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC32.13■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC32.12■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
SYNE4Q8N205 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms