Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
PTPN4P29074 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PTPN4P29074 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PTPN4P29074 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN4P29074 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms