Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX1P28360 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX1P28360 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX1P28360 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX1P28360 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX1P28360 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSX1P28360 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSX1P28360 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSX1P28360 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSX1P28360 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX1P28360 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX1P28360 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX1P28360 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX1P28360 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX1P28360 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX1P28360 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX1P28360 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX1P28360 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX1P28360 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX1P28360 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX1P28360 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX1P28360 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX1P28360 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSX1P28360 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
MSX1P28360 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
MSX1P28360 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
MSX1P28360 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSX1P28360 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSX1P28360 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSX1P28360 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSX1P28360 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSX1P28360 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSX1P28360 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
MSX1P28360 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSX1P28360 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSX1P28360 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSX1P28360 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSX1P28360 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSX1P28360 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX1P28360 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX1P28360 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX1P28360 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX1P28360 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX1P28360 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSX1P28360 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSX1P28360 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSX1P28360 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSX1P28360 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSX1P28360 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
MSX1P28360 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSX1P28360 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX1P28360 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX1P28360 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX1P28360 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX1P28360 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX1P28360 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX1P28360 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX1P28360 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX1P28360 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX1P28360 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX1P28360 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX1P28360 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX1P28360 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX1P28360 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX1P28360 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX1P28360 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX1P28360 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX1P28360 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX1P28360 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX1P28360 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
MSX1P28360 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSX1P28360 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSX1P28360 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSX1P28360 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX1P28360 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX1P28360 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX1P28360 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX1P28360 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSX1P28360 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSX1P28360 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSX1P28360 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSX1P28360 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
MSX1P28360 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSX1P28360 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSX1P28360 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSX1P28360 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSX1P28360 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSX1P28360 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSX1P28360 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSX1P28360 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSX1P28360 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSX1P28360 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSX1P28360 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSX1P28360 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSX1P28360 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
MSX1P28360 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSX1P28360 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX1P28360 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSX1P28360 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSX1P28360 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms