Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
LIG1P18858 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
LIG1P18858 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
LIG1P18858 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
LIG1P18858 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
LIG1P18858 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIG1P18858 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIG1P18858 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIG1P18858 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIG1P18858 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
LIG1P18858 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
LIG1P18858 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
LIG1P18858 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
LIG1P18858 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
LIG1P18858 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
LIG1P18858 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
LIG1P18858 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
LIG1P18858 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
LIG1P18858 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
LIG1P18858 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
LIG1P18858 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
LIG1P18858 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
LIG1P18858 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
LIG1P18858 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
LIG1P18858 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
LIG1P18858 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
LIG1P18858 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
LIG1P18858 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG1P18858 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG1P18858 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG1P18858 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG1P18858 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG1P18858 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG1P18858 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG1P18858 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG1P18858 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG1P18858 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
LIG1P18858 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
LIG1P18858 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
LIG1P18858 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
LIG1P18858 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
LIG1P18858 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
LIG1P18858 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
LIG1P18858 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
LIG1P18858 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
LIG1P18858 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
LIG1P18858 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG1P18858 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG1P18858 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG1P18858 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG1P18858 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG1P18858 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG1P18858 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG1P18858 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG1P18858 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG1P18858 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC29.3■■■□□ 2.28
LIG1P18858 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
LIG1P18858 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
LIG1P18858 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
LIG1P18858 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
LIG1P18858 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
LIG1P18858 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
LIG1P18858 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC29.28■■■□□ 2.28
LIG1P18858 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
LIG1P18858 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
LIG1P18858 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
LIG1P18858 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
LIG1P18858 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
LIG1P18858 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
LIG1P18858 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
LIG1P18858 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
LIG1P18858 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
LIG1P18858 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
LIG1P18858 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
LIG1P18858 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
LIG1P18858 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
LIG1P18858 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
LIG1P18858 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
LIG1P18858 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
LIG1P18858 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
LIG1P18858 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
LIG1P18858 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
LIG1P18858 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
LIG1P18858 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
LIG1P18858 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
LIG1P18858 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
LIG1P18858 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
LIG1P18858 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
LIG1P18858 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
LIG1P18858 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
LIG1P18858 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
LIG1P18858 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
LIG1P18858 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
LIG1P18858 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
LIG1P18858 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
LIG1P18858 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
LIG1P18858 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
LIG1P18858 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
LIG1P18858 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
LIG1P18858 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.6 ms