Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC4P09017 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HOXC4P09017 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC4P09017 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC4P09017 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms