Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms