Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LHX3Q9UBR4 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms