Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USP4Q13107 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms