Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC16.89■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA4Q00056 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms