Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
VPS54Q9P1Q0 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
VPS54Q9P1Q0 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
VPS54Q9P1Q0 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
VPS54Q9P1Q0 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
VPS54Q9P1Q0 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
VPS54Q9P1Q0 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
VPS54Q9P1Q0 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC30■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC29.97■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS54Q9P1Q0 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
VPS54Q9P1Q0 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC29.85■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC29.85■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
VPS54Q9P1Q0 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
VPS54Q9P1Q0 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC29.72■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms