Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
EXOSC3Q9NQT5 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
EXOSC3Q9NQT5 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
EXOSC3Q9NQT5 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
EXOSC3Q9NQT5 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
EXOSC3Q9NQT5 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
EXOSC3Q9NQT5 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.5 ms