Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
USP4Q13107 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP4Q13107 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP4Q13107 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP4Q13107 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP4Q13107 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP4Q13107 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP4Q13107 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP4Q13107 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP4Q13107 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP4Q13107 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP4Q13107 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP4Q13107 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP4Q13107 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP4Q13107 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP4Q13107 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP4Q13107 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP4Q13107 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP4Q13107 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP4Q13107 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP4Q13107 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP4Q13107 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP4Q13107 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP4Q13107 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP4Q13107 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP4Q13107 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP4Q13107 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP4Q13107 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP4Q13107 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
USP4Q13107 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP4Q13107 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP4Q13107 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
USP4Q13107 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP4Q13107 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP4Q13107 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP4Q13107 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP4Q13107 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP4Q13107 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP4Q13107 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP4Q13107 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
USP4Q13107 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP4Q13107 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP4Q13107 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP4Q13107 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP4Q13107 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP4Q13107 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.01■■□□□ 1.92
USP4Q13107 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.92
USP4Q13107 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP4Q13107 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP4Q13107 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP4Q13107 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP4Q13107 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
USP4Q13107 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP4Q13107 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
USP4Q13107 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
USP4Q13107 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP4Q13107 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP4Q13107 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP4Q13107 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP4Q13107 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP4Q13107 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP4Q13107 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP4Q13107 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP4Q13107 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP4Q13107 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP4Q13107 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
USP4Q13107 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP4Q13107 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP4Q13107 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
USP4Q13107 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP4Q13107 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP4Q13107 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP4Q13107 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP4Q13107 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP4Q13107 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP4Q13107 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
USP4Q13107 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP4Q13107 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP4Q13107 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP4Q13107 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP4Q13107 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP4Q13107 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
USP4Q13107 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
USP4Q13107 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
USP4Q13107 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP4Q13107 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP4Q13107 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
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