Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TNFRSF4P43489 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
TNFRSF4P43489 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
TNFRSF4P43489 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TNFRSF4P43489 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TNFRSF4P43489 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms