Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSX1P28360 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSX1P28360 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
MSX1P28360 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
MSX1P28360 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
MSX1P28360 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
MSX1P28360 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
MSX1P28360 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
MSX1P28360 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
MSX1P28360 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
MSX1P28360 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
MSX1P28360 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
MSX1P28360 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSX1P28360 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSX1P28360 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSX1P28360 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSX1P28360 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSX1P28360 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSX1P28360 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSX1P28360 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSX1P28360 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSX1P28360 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSX1P28360 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSX1P28360 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
MSX1P28360 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSX1P28360 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSX1P28360 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSX1P28360 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSX1P28360 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
MSX1P28360 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX1P28360 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX1P28360 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX1P28360 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX1P28360 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX1P28360 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX1P28360 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX1P28360 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX1P28360 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX1P28360 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX1P28360 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX1P28360 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX1P28360 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX1P28360 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX1P28360 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX1P28360 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX1P28360 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
MSX1P28360 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.38
MSX1P28360 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSX1P28360 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSX1P28360 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSX1P28360 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSX1P28360 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSX1P28360 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
MSX1P28360 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
MSX1P28360 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
MSX1P28360 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSX1P28360 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSX1P28360 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSX1P28360 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSX1P28360 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSX1P28360 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSX1P28360 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSX1P28360 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX1P28360 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX1P28360 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX1P28360 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX1P28360 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX1P28360 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX1P28360 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX1P28360 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX1P28360 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSX1P28360 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSX1P28360 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSX1P28360 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSX1P28360 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSX1P28360 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
MSX1P28360 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX1P28360 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX1P28360 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX1P28360 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX1P28360 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX1P28360 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX1P28360 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX1P28360 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
MSX1P28360 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSX1P28360 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX1P28360 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX1P28360 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX1P28360 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX1P28360 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX1P28360 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSX1P28360 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSX1P28360 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSX1P28360 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSX1P28360 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSX1P28360 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSX1P28360 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSX1P28360 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSX1P28360 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX1P28360 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms