Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD4P09016 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD4P09016 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD4P09016 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD4P09016 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms