Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LDLRP01130 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LDLRP01130 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
LDLRP01130 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LDLRP01130 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LDLRP01130 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LDLRP01130 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LDLRP01130 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LDLRP01130 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LDLRP01130 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LDLRP01130 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LDLRP01130 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LDLRP01130 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LDLRP01130 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LDLRP01130 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LDLRP01130 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LDLRP01130 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LDLRP01130 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
LDLRP01130 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LDLRP01130 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LDLRP01130 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LDLRP01130 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LDLRP01130 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LDLRP01130 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LDLRP01130 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LDLRP01130 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LDLRP01130 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LDLRP01130 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LDLRP01130 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LDLRP01130 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LDLRP01130 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LDLRP01130 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LDLRP01130 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LDLRP01130 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LDLRP01130 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LDLRP01130 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LDLRP01130 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LDLRP01130 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LDLRP01130 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LDLRP01130 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LDLRP01130 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LDLRP01130 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LDLRP01130 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LDLRP01130 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LDLRP01130 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LDLRP01130 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LDLRP01130 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LDLRP01130 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LDLRP01130 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LDLRP01130 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LDLRP01130 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LDLRP01130 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LDLRP01130 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LDLRP01130 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LDLRP01130 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LDLRP01130 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LDLRP01130 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LDLRP01130 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LDLRP01130 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LDLRP01130 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
LDLRP01130 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LDLRP01130 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
LDLRP01130 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LDLRP01130 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LDLRP01130 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LDLRP01130 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LDLRP01130 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LDLRP01130 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LDLRP01130 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LDLRP01130 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LDLRP01130 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
LDLRP01130 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LDLRP01130 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LDLRP01130 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LDLRP01130 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LDLRP01130 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LDLRP01130 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
LDLRP01130 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LDLRP01130 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LDLRP01130 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LDLRP01130 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LDLRP01130 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LDLRP01130 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDLRP01130 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDLRP01130 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDLRP01130 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDLRP01130 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDLRP01130 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDLRP01130 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDLRP01130 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDLRP01130 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDLRP01130 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDLRP01130 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LDLRP01130 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LDLRP01130 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LDLRP01130 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LDLRP01130 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
LDLRP01130 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LDLRP01130 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LDLRP01130 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms