Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
HOXC11O43248 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXC11O43248 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXC11O43248 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC11O43248 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXC11O43248 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXC11O43248 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXC11O43248 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXC11O43248 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms