Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.5 ms