Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD9Q3L8U1 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
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