Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
CLN3Q13286 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
CLN3Q13286 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms