Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
DKK3Q9UBP4 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
DKK3Q9UBP4 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
DKK3Q9UBP4 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
DKK3Q9UBP4 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
DKK3Q9UBP4 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
DKK3Q9UBP4 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
DKK3Q9UBP4 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms