Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 RBM25-212ENST00000532683 6848 ntTSL 1 (best)5.4□□□□□ -1.546e-7■■■■■ 35.2
SF3B4Q15427 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.052e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.262e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 TTC3-215ENST00000476784 7425 ntTSL 26.6□□□□□ -1.351e-6■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 PLXNB2-213ENST00000610984 3443 ntTSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.645e-8■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 SEC31A-231ENST00000510310 584 ntTSL 422.07■■□□□ 1.124e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 SEC31A-223ENST00000507816 546 ntTSL 418.29■□□□□ 0.524e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 SEC31A-221ENST00000507340 587 ntTSL 417.95■□□□□ 0.464e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 SEC31A-225ENST00000507867 682 ntTSL 316.23■□□□□ 0.194e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 SEC31A-233ENST00000511975 564 ntTSL 416.23■□□□□ 0.194e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 SEC31A-238ENST00000514326 847 ntTSL 314.23□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 SEC31A-236ENST00000513323 822 ntTSL 312.18□□□□□ -0.464e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 SEC31A-219ENST00000506497 926 ntTSL 36.89□□□□□ -1.314e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 FBRSL1-208ENST00000543453 205 ntTSL 38.6□□□□□ -1.033e-8■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 DEAF1-204ENST00000525904 797 ntTSL 311.67□□□□□ -0.541e-13■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 DEAF1-212ENST00000530813 668 ntTSL 511.67□□□□□ -0.541e-13■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 RPL11-201ENST00000374550 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.092e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 RPL11-205ENST00000482370 879 ntTSL 1 (best)8.04□□□□□ -1.122e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 PLOD3-215ENST00000487563 712 ntTSL 221.57■■□□□ 1.045e-8■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 STX16-NPEPL1-201ENST00000413559 557 ntTSL 37.03□□□□□ -1.284e-8■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 ZNF692-205ENST00000462037 827 ntTSL 211.3□□□□□ -0.61e-16■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 ZNF692-213ENST00000482023 851 ntTSL 510.13□□□□□ -0.791e-16■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.762e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 ABCA7-212ENST00000530092 571 ntTSL 415.9■□□□□ 0.142e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 HEATR5B-201ENST00000233099 6905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.832e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 UBA5-206ENST00000468227 3902 ntTSL 22□□□□□ -2.092e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 TCF25-205ENST00000562184 634 ntTSL 211.44□□□□□ -0.582e-21■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 ACADVL-213ENST00000578579 458 ntTSL 34.71□□□□□ -1.666e-12■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 ITPA-210ENST00000609835 924 ntTSL 1 (best)19.72■□□□□ 0.752e-8■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 GTF3C1-211ENST00000569653 897 ntTSL 212.5□□□□□ -0.414e-9■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 GTF3C1-201ENST00000356183 7018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.754e-9■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 GTF3C1-202ENST00000561623 7015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.7□□□□□ -0.864e-9■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 ASPSCR1-213ENST00000582355 1246 ntTSL 521.46■■□□□ 1.032e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 ASPSCR1-210ENST00000581608 2387 ntTSL 219.14■□□□□ 0.652e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 ASPSCR1-204ENST00000577733 5503 ntTSL 215.81■□□□□ 0.122e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 ASPSCR1-205ENST00000578236 3277 ntTSL 213.53□□□□□ -0.242e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 TRMT2A-220ENST00000494820 1098 ntTSL 514.15□□□□□ -0.145e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 AMPD2-225ENST00000533132 717 ntTSL 316.13■□□□□ 0.172e-8■■■■■ 35.1
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SF3B4Q15427 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.249e-7■■■■■ 35.1
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SF3B4Q15427 PSMD2-209ENST00000460628 565 ntTSL 28.51□□□□□ -1.051e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 FMNL2-202ENST00000475377 3648 ntTSL 5 BASIC3.61□□□□□ -1.837e-8■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 MIB2-211ENST00000483015 1058 ntTSL 322.49■■□□□ 1.193e-11■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 MIB2-227ENST00000511910 584 ntTSL 218.8■□□□□ 0.63e-11■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 CTSA-208ENST00000485627 695 ntTSL 38.44□□□□□ -1.063e-7■■■■■ 35.1
SF3B4Q15427 SLC38A3-204ENST00000445096 880 ntTSL 58.43□□□□□ -1.063e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DNM2-213ENST00000589106 565 ntTSL 28.81□□□□□ -17e-7■■■■■ 35
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SF3B4Q15427 RIPK1-202ENST00000380409 3864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.91□□□□□ -1.33e-6■■■■■ 35
SF3B4Q15427 KIAA0907-206ENST00000466713 911 ntTSL 1 (best)14.62□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 MYO18A-213ENST00000532143 1002 ntTSL 314.71□□□□□ -0.051e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.683e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 REV1-203ENST00000413697 4727 ntTSL 217.93■□□□□ 0.463e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 REV1-202ENST00000393445 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.223e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZMYM3-208ENST00000470832 533 ntTSL 37.81□□□□□ -1.167e-9■■■■■ 35
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SF3B4Q15427 STT3B-207ENST00000488151 436 ntTSL 23.39□□□□□ -1.878e-9■■■■■ 35
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SF3B4Q15427 TSPAN14-206ENST00000372164 5476 ntTSL 1 (best) BASIC9.94□□□□□ -0.822e-10■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TSPAN14-207ENST00000429989 16183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.33□□□□□ -1.42e-10■■■■■ 35
SF3B4Q15427 RBMX-204ENST00000464781 1852 ntTSL 212.31□□□□□ -0.443e-12■■■■■ 35
SF3B4Q15427 RBMX-209ENST00000565438 1292 ntTSL 5 BASIC11.97□□□□□ -0.493e-12■■■■■ 35
SF3B4Q15427 RBMX-201ENST00000320676 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.513e-12■■■■■ 35
SF3B4Q15427 RBMX-207ENST00000562646 2148 ntTSL 1 (best) BASIC8.92□□□□□ -0.983e-12■■■■■ 35
SF3B4Q15427 APOE-202ENST00000425718 923 ntTSL 1 (best)21.83■■□□□ 1.097e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.087e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.037e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.017e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TMEM260-214ENST00000556975 543 ntTSL 420.67■□□□□ 0.97e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.897e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.897e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.847e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF707-226ENST00000533031 2114 ntTSL 220.09■□□□□ 0.817e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 APOE-204ENST00000446996 737 ntTSL 219.93■□□□□ 0.787e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.757e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TMEM260-216ENST00000557657 2572 ntTSL 1 (best)19.64■□□□□ 0.737e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.737e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.657e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.67e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.567e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.567e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 APOE-203ENST00000434152 864 ntTSL 218.4■□□□□ 0.547e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.537e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.487e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PEX5-219ENST00000545574 878 ntTSL 517.9■□□□□ 0.467e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ADAM8-207ENST00000537099 1579 ntTSL 217.78■□□□□ 0.447e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF707-224ENST00000532486 3031 ntTSL 217.54■□□□□ 0.47e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.385e-9■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.375e-9■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.321e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ADAM8-203ENST00000463298 1122 ntTSL 517.02■□□□□ 0.327e-8■■■■■ 35
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