Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 TRA2B-204ENST00000414862 710 ntTSL 37.15□□□□□ -1.263e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 P4HB-214ENST00000570907 353 ntTSL 36.01□□□□□ -1.452e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 TRA2B-209ENST00000466832 2414 ntTSL 25.75□□□□□ -1.493e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 RALGDS-214ENST00000495621 403 ntTSL 25.52□□□□□ -1.533e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 TRA2B-207ENST00000463328 2780 ntTSL 25.36□□□□□ -1.553e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 TRA2B-201ENST00000259043 943 ntTSL 35.32□□□□□ -1.563e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 HSP90B1-206ENST00000550479 698 ntTSL 25.31□□□□□ -1.563e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 ATP2A1-209ENST00000565042 239 ntTSL 1 (best)5.11□□□□□ -1.593e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 SHMT1-211ENST00000618902 378 ntTSL 5 BASIC4.98□□□□□ -1.613e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 TRA2B-215ENST00000492417 4141 ntTSL 1 (best)4.69□□□□□ -1.663e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 SNHG6-202ENST00000520619 479 ntTSL 3 BASIC4.34□□□□□ -1.713e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 MIR7703-201ENST00000620784 77 ntBASIC3.75□□□□□ -1.813e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 ATP2A1-207ENST00000564470 467 ntTSL 1 (best)3.64□□□□□ -1.833e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 CTC1-209ENST00000581729 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 33.22□□□□□ -1.893e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 SUGP2-214ENST00000600377 4752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 SUGP2-215ENST00000601879 5546 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 SUGP2-213ENST00000600239 5565 ntTSL 215.68■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 SUGP2-209ENST00000597280 814 ntTSL 312.36□□□□□ -0.431e-7■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 HDAC10-217ENST00000496235 885 ntTSL 517.67■□□□□ 0.421e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 NDRG2-245ENST00000555657 578 ntTSL 522.2■■□□□ 1.146e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-276ENST00000557676 633 ntTSL 221.47■■□□□ 1.036e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-247ENST00000555733 924 ntTSL 520.51■□□□□ 0.876e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-254ENST00000556420 671 ntTSL 420.25■□□□□ 0.836e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.816e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.766e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.646e-8■■■■■ 29.6
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SF3A3Q12874 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.476e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.46e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.226e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.216e-8■■■■■ 29.6
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SF3A3Q12874 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.26e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.176e-8■■■■■ 29.6
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SF3A3Q12874 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.166e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.156e-8■■■■■ 29.6
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SF3A3Q12874 NDRG2-223ENST00000553867 848 ntTSL 512.27□□□□□ -0.456e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NDRG2-265ENST00000557182 559 ntTSL 411.34□□□□□ -0.596e-8■■■■■ 29.6
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SF3A3Q12874 NDRG2-234ENST00000554483 561 ntTSL 48.03□□□□□ -1.126e-8■■■■■ 29.6
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SF3A3Q12874 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.781e-6■■■■■ 29.6
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SF3A3Q12874 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.371e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 PRKCSH-212ENST00000591462 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.071e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 PDXK-217ENST00000490666 577 ntTSL 512.15□□□□□ -0.461e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.174e-8■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 ARHGEF1-210ENST00000594521 826 ntTSL 514.34□□□□□ -0.114e-7■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 WDR5-201ENST00000358625 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.073e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 SHMT1-207ENST00000580002 1759 ntTSL 224.55■■□□□ 1.522e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.382e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.272e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.912e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 SHMT1-205ENST00000395684 2652 ntTSL 1 (best)13.71□□□□□ -0.223e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC13.76□□□□□ -0.212e-50■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 EIF1AX-202ENST00000379607 4427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.652e-50■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 PDXK-210ENST00000468090 7297 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.091e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 PDXK-201ENST00000291565 7366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.151e-6■■■■■ 29.6
SF3A3Q12874 NFKB1-201ENST00000226574 4085 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.095e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 NFKB1-202ENST00000394820 3693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.015e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 SART3-208ENST00000547528 1935 ntTSL 1 (best)14.59□□□□□ -0.075e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 SART3-206ENST00000546815 2318 ntTSL 513.33□□□□□ -0.285e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 SART3-202ENST00000431469 2834 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.335e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 PNKP-223ENST00000629179 811 ntTSL 412.69□□□□□ -0.385e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 NFKB1-205ENST00000505458 3707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.585e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 SART3-201ENST00000228284 4004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.43□□□□□ -0.585e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 NFKB1-212ENST00000600343 4010 ntTSL 2 BASIC10.87□□□□□ -0.675e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 SART3-204ENST00000546728 3637 ntTSL 1 (best)9.8□□□□□ -0.845e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 SART3-209ENST00000548077 625 ntTSL 28.01□□□□□ -1.135e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 SART3-205ENST00000546808 405 ntTSL 54.6□□□□□ -1.675e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 TUBG1-202ENST00000588056 574 ntTSL 216.02■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 TRAP1-215ENST00000576106 555 ntTSL 420.23■□□□□ 0.831e-14■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 TRAP1-211ENST00000574941 558 ntTSL 417.91■□□□□ 0.461e-14■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 TRAP1-206ENST00000571538 587 ntTSL 49.2□□□□□ -0.941e-14■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 OSGEP-203ENST00000553640 578 ntTSL 315.06■□□□□ 01e-7■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 OSGEP-205ENST00000554699 762 ntTSL 315.03■□□□□ -01e-7■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 DDRGK1-203ENST00000470203 480 ntTSL 39.08□□□□□ -0.966e-8■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 RECQL5-204ENST00000423245 3576 ntTSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.152e-8■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 RECQL5-201ENST00000317905 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.272e-8■■■■■ 29.5
SF3A3Q12874 GTF3C1-201ENST00000356183 7018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.51□□□□□ -0.413e-6■■■■■ 29.5
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