Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
MSX1P28360 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
MSX1P28360 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
MSX1P28360 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
MSX1P28360 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
MSX1P28360 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
MSX1P28360 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
MSX1P28360 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
MSX1P28360 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.54
MSX1P28360 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
MSX1P28360 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms