Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A3P12111 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms