Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms