Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC54Q8NEL0 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms