Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
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IFT88Q13099 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
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IFT88Q13099 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
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IFT88Q13099 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
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IFT88Q13099 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
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IFT88Q13099 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
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IFT88Q13099 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
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IFT88Q13099 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
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IFT88Q13099 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
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IFT88Q13099 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
IFT88Q13099 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
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