Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms