Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5F3

PCDHB1, Protocadherin beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 818 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB1Q9Y5F3 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
PCDHB1Q9Y5F3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
PCDHB1Q9Y5F3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
PCDHB1Q9Y5F3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.08■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
PCDHB1Q9Y5F3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
PCDHB1Q9Y5F3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
PCDHB1Q9Y5F3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
PCDHB1Q9Y5F3 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
PCDHB1Q9Y5F3 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
PCDHB1Q9Y5F3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
PCDHB1Q9Y5F3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms