Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS28Q9UK41 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS28Q9UK41 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS28Q9UK41 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS28Q9UK41 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
VPS28Q9UK41 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms