Protein–RNA interactions for Protein: Q9H400

LIME1, Lck-interacting transmembrane adapter 1, humanhuman

Predictions only

Length 295 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIME1Q9H400 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIME1Q9H400 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIME1Q9H400 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIME1Q9H400 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIME1Q9H400 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.9 ms