Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS35Q96QK1 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS35Q96QK1 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS35Q96QK1 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS35Q96QK1 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS35Q96QK1 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS35Q96QK1 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS35Q96QK1 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS35Q96QK1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS35Q96QK1 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS35Q96QK1 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS35Q96QK1 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS35Q96QK1 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS35Q96QK1 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS35Q96QK1 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms