Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC112Q8NEF3 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CCDC112Q8NEF3 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC112Q8NEF3 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC112Q8NEF3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC112Q8NEF3 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC112Q8NEF3 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC112Q8NEF3 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC112Q8NEF3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC112Q8NEF3 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC112Q8NEF3 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC112Q8NEF3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC112Q8NEF3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC112Q8NEF3 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms