Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC28AQ8IWP9 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC28AQ8IWP9 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28AQ8IWP9 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC28AQ8IWP9 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms