Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
USP49Q70CQ1 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
USP49Q70CQ1 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
USP49Q70CQ1 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
USP49Q70CQ1 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
USP49Q70CQ1 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
USP49Q70CQ1 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
USP49Q70CQ1 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
USP49Q70CQ1 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
USP49Q70CQ1 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
USP49Q70CQ1 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
USP49Q70CQ1 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP49Q70CQ1 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP49Q70CQ1 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
USP49Q70CQ1 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
USP49Q70CQ1 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
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