Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL18A1P39060 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms