Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms